Při spalování např. dřeva v lokálních topeništích, kde je nízká teplota hoření, tj. při nedokonalém spalování, vzniká řada škodlivin. Nejnebezpečnější jsou polyaromatické uhlovodíky PAU, některé z nich mohou být karcinogenní. Záleží také na typu kotle.

Nedokonalé spalování
Při nedokonalém spalování vznikají některé škodlivé a páchnoucí látky (například dehet), které mohou mít špatný vliv na místní životní prostředí. Nicméně ve srovnání s účinkem škodlivých látek, vznikajících při spalování oleje či uhlí (pokud nejsou ovšem využívány technologie zabraňující jejich úniku do ovzduší), znamenají nesrovnatelně menší škody na životním prostředí. Kouř ukazuje, zda je spalování úplné. Čím černější je kouř, tím horší je i spalování. Bílý kouř není způsoben nedokonalým spalováním, ale vypařováním vody ze dřeva.

Vzhledem k tomu, že CO2 uvolněný při spalování organické hmoty je znovu absorbován při růstu rostlin, není problém s emisemi CO2, je to proces obnovitelný (rostlina uvolní při spálení jen tolik CO2, kolik ho spotřebovala při vlastním růstu). Jedná se vždy o přirozený cyklus, který nezhoršuje "skleníkový efekt" na Zemi. Dřevo či sláma, které jsou správným spálením plně rozloženy, jsou přírodě nejpřátelštějším palivem (hned po vodíku), neboť jediným příspěvkem ke znečištění ovzduší jsou NOx. Původ NOx je však ve vzduchu. NOx vznikají při každém spalování, kde se používá atmosférický vzduch. Jejich množství závisí na teplotě spalování a na množství dodávaného vzduchu. Tvorbu NOx však lze řídit optimální teplotou plamene. Ve dřevě není síra, stopy síry jsou ve slámě - asi 0,1 % v porovnání s minimálně 2 % v hnědém uhlí. Obsah dusíkem je 0,1 až 0,5 % na rozdíl od tradičních paliv, která mají až 1,4 %.